Gene/fragment and flanking sequence:

Gene: tmRNA
68703 tggaaagtcc ggctaggcga gagctacgcc ggtgagtttg ataattcaaa aGGGGCCGAT
68643 TGGTTTCGAC GGTGATCTGT TCGCCTTGGA GAAGCATGCC GAGAATGCAG GGTCCACTCG
68583 TGATGTTCTC TGCAATAAAA ATAAGTGCTA AATCTAATCG CACTGAGTTC GCTCTCGCTG
68523 CCTGATTTTA AACGTAATCA GATTTAATCC AGCGAGTTAG CACTCCATCT GCTCTCCCGC
68463 GTCTTCGGGG AGAGGTCAGG TGTCGTTAGG AGACTGACTT GTGAGATTGA ACTGCAGGGT
68403 CTCGCAAGGA CATTTTGCTG TGGCTAGGCT CGCCGCCAGT TGTCTGCGGC ATTGGCGGGG
68343 GCCGAAAATA CGCTCGTTCG AGTCAGCAGA CTAAGCATGT AGAAGGACGA GGGTACGGTC
68283 ACCGGACCGG GGTTCAATCC CCCGCGGCTC CACTTtttca gaacccgcca gaaatggcgg
68223 gttttcgttt atttccaagg gttttc

tmRNA Fragment
60016 atgtgatgct tgagaatggc gttatttcaa cgttttctag gatgatatgt tGGGGTTCAA
59956 TCCCCCGCGG CTCCACaaat agcataaaac ccactggaaa tagtgggttt ttcgtatgtg
59896 accggct

Gene (GREEN CAPS): 68249..68652
Displaced gene fragment (GREEN, mismatches lowercase): 59941..59965
Match (underlined) extends 3-prime beyond tmRNA: 0 bp
Index point: nt 394
Mismatches: 0
Damage within repeat (Red): none
Supplemental Island Information
Island Length: 8286 bp
Mononucleotide (difference to replicon): 1.21
Dinucleotide bias (between genome and island): 0.12
Minimum distance between integrase and endpoint: 2.27
Density of hypothetical proteins (fold over replicon): 0.55
Housekeeping index: -13.76

Potential integrases in NC_017214
6005061162Integrase in the same orientation as tmRNA
391920393173

Potential fragments for tmRNA
5994159965
18521621852175


Genes: 14
LeftRightStrandAnnotation
6005061150-ID=384189825; acc=YP_005575573.1; Name=DNA integration/recombination/inversion protein;
6136362025-ID=384189826; acc=YP_005575574.1; Name=hypothetical protein BIF_01230;
6213262338+ID=384189827; acc=YP_005575575.1; Name=hypothetical protein BIF_01231;
6247362610-ID=384189828; acc=YP_005575576.1; Name=hypothetical protein BIF_02168;
6257862814+ID=384189829; acc=YP_005575577.1; Name=hypothetical protein BIF_01232;
6281963010+ID=384189830; acc=YP_005575578.1; Name=hypothetical protein BIF_01892;
6300763189+ID=384189831; acc=YP_005575579.1; Name=hypothetical protein BIF_02000;
6312064382+ID=384189832; acc=YP_005575580.1; Name=zinc metalloprotease;
6456964892+ID=384189833; acc=YP_005575581.1; Name=hypothetical protein BIF_00595;
6488965077+ID=384189834; acc=YP_005575582.1; Name=hypothetical protein BIF_00594;
6510065336+ID=384189835; acc=YP_005575583.1; Name=hypothetical protein BIF_01891;
6533365650+ID=384189836; acc=YP_005575584.1; Name=hypothetical protein BIF_00410;
6605467829+ID=384189837; acc=YP_005575585.1; Name=Phage Prohead Protease;
6782668062+ID=384189838; acc=YP_005575586.1; Name=hypothetical protein BIF_01890;

Sequence:     

>Bifidobacterium animalis subsp. lactis BB-12|68351-59865|100bp flanks
ccatacgcatacatcggaatattgcgagtgcgttcgtgttgtgctatattggaaagtccggctaggcgagagctacgccggtgagtttgataattcaaaaGGGGCCGATTGGTTTCGACGGTGATCTGTTCGCCTTGGAGAAGCATGCCGAGAATGCAGGGTCCACTCGTGATGTTCTCTGCAATAAAAATAAGTGCTAAATCTAATCGCACTGAGTTCGCTCTCGCTGCCTGATTTTAAACGTAATCAGATTTAATCCAGCGAGTTAGCACTCCATCTGCTCTCCCGCGTCTTCGGGGAGAGGTCAGGTGTCGTTAGGAGACTGACTTGTGAGATTGAACTGCAGGGTCTCGCAAGGACATTTTGCTGTGGCTAGGCTCGCCGCCAGTTGTCTGCGGCATTGGCGGGGGCCGAAAATACGCTCGTTCGAGTCAGCAGACTAAGCATGTAGAAGGACGAGGGTACGGTCACCGGACCGGGGTTCAATCCCCCGCGGCTCCACTTTTTCAGAACCCGCCAGAAATGGCGGGTTTTCGTTTATTTCCAAGGGTTTTCGGGCCCCGTGGATATAGGTGTAAATGGGTTAAAATGGACGCATTCCAATATGAAACGTGTCCAAAATGAGGCCAAAAAGCACAGGGGCGGTGCAGGCGCTCAAGCCCACAACCGCCCCACATGCCCTGCACACCGCTACAGGTTGTCCACGATTGGGTTCAGGTAGTCGCCGGTCAGTAGCACACGATCCCGGATTATGATCGTACGCTCCGGGTCGTCCCTGTTCACCGGATCATAAGGGCCTGCATCGGGTTTCACGCGGGTAGCGTACCGCGCATAGGCGGGTTGCGTGTAATCCGCCCCCGCATTGCCCTCAAGCACCTGCGTGTTCCTGTACCGTGGCTCCCTGTCGCTCATGGCGTGCCCCCTCACTTCGTCGGCGTGGACTTCGCTGCGGCCTTGGTGGCGAACTTCACGATACCGTGCGGCTTGAGCACATCGAAGCTGAAACGGCCCTCGACACGGGAGATGACGGTGTTCGTCCGGAAACCCTCGCTCGTGTTCGTCGCCGTCTCAAGGTTGCCGTCCGTCATGATCTGCACGGTGTTCGTGCCGATCGCATACCCGGTGCCGGACTCAAGATAGGCGTCGGCAACCACCGGCACACCCCACAATTGCTTGTTCTGCACGTCCACGATCGGATCGTTGATGTAATGGCCGAGCGTGTCCTTGGTGGTGGCGATCTCCACCCAGTCCACTGCGGGAAGCACGAACATGGCGCAGGTGATGCCGTACTGTTCGATCTGCGCGGCCGCGTTGATGGCGGTGGTCACGGCGTCCGAGCTGAACGCCTGCGACTTGATGCCCTCGACATGGTTCAGGCCGAGCAGGTGGCCCGCAGTGCCGTCGCCGTTGATGATCTCGTTCTCGAACGTGCGCATGATCTCACGGGTGAGGCGTTCGCCCACATAATCCACGACGCCCTGAGACGACTGCCATGTGTACTTGTCCACAGGGTCGGACACGACGGCGATCACCTTGAGCTGGTTGCGTACCTTCTTGAGGCCGAGCTTGAACGTTGGCTTCGTCTCGCCCTTCTCCACGACCGCTGCGGTTCCCGCGTCCTCCTGCGTGGTTTCCATGAGATAGTCATATTCGTCTGTATGCACCACTCCGGCAGGAATGTAGTTGACGATGCCGATGGGCATCTCGCCGCCCTGATCGTGGATCGGAATGGAGTTGACGATCGGCGTGGGCGTGAACATGGCCCCGGTGATCGACGCCATGTCGATGCCCTTGACATGGCGTTCGTTGATGTCCTTGCGCATGGTTTCGGGAATGCTCTTGGTGAGCTTGGAGAGGTCGAGGTAGCTCTTGGTGCTATACGGGGAGACGCGCTTCGGGCTTGTGATGTCGTGAAGCCACTGGTCAACATCTCCGGTGATGTCCCCGTCACGCCTGAGCTTTTCGACGCAATCGGCCACGACCCCCTTAAGGTGGGTCACCTCCTCAAGCTCAGCGTCGGACAACATGCGTCCAACAGAGTTGTTGGCAATCTGCGAGAGCTTGCCCTTGGCGTCCAAAAGATCCTGTTTCGTGCTCATGTTCTCATATCCATTCTTTGCGTATTTGATGGTGGTGTCGATGGTCTTGAATAATGGCTCCAAGTTGGAGGGGTAGGCGGACTCCGATTTCACGGCCTCGATGCTGGTGTCCTTGTTCGCGCCGTGGGGCACGATGGACACTTCCAGCAGGTTCACGGCCTGCAATTCGTTGGCCATGCCCTTGGCGCTCTGAGCCTGCGCCTTGCGTTCGATCGTGTACCCGAAACTCATTTGGCTGAGCCTATGGCCTTTGAGCAGCCGGTACACCTGAGCGGCCTTCGCGTTCGTGTCGATGTCCAAGTGGCCCGTAACAAGCAGCCCGTGGTCGTCCTCGATGGCCGACTTCACATAGCCGATGTTGTAGTCCGGGTCAGTCTCGTTATGCCCGTACAGCACTGGAATGCACGACCCCGACATATCCCACTTGCGCAACGTCTGCGAGAACGCGCCCTTGGCAACCACGTCGCCGTAACAGTCGGGCGTGCGCGTCCAAGTGCTCACGTAAGCCTTGAAATCCCCCTCCTCAAGCCCATCACCCAAGGAATCGGACTTCACATAGATGTGTGAATCATTGGTTTTGTAATACATATGCGGATACACCTTTGCTAAGCCACACCGGAAAGCGTGGTAACAATCAATATGTGGTTATCTCTATCCGCGTGCCTGTGGCGACTGCGTGCAGCGGCCTCGGCTGGCAAACAGTCCGGTCTCTTGCGAACCCGCGGCGACTGTACAGCGGCCCGGATCGGCTTCACCGAACAATGCCAAGCCTACCCGCCGAACAAGCACGTGGCAAGCGGGACAACGGTGGGAGATGACGGCGCGTTACCGTGTGGCACGCGCCGTCACGTCCGAAAAGGCCCGATCTTTTTGAGACGCGAAAAAAAGAGTTTCGGCGGCGGGTGTTTCGCGTCTATTGTTTTATTTTTTGGACTCCCCCTACCCTTGTCGGCAAGGTGGTCGCGTTTCACGATGCCCTTGCTGATGATGGGGTAACGATTCGTTACCCCATGGTGGTTCGGTTAGGTTGTGGTGTGCCGGTGTATGGGTGTGTTGGGTTGCGGTGCATGGTCGTATCCTCCGTGTCGGTGTTGTCGGTTGGTTGGGTGGCGTTGCGGTATTGGCGTGCGCATTCTTCGAGCCAGTCCGCGAGTTCGTGGCGTGCGTAGTCGGCCAGAGCGTCGAGTTCGTCGGGTGAGGTGAAGTCGATGGTGTTGCTTTGGTCGAGCATGGCTTCGATGCCGGTGTCGTCGTACTGGGCGGCGATGAATGAGAGGCCGAGCCGGTGTTCGTGCATGTCGGCGTAGATGATGGGGTTCATTGTTCCTCCTTGGTGGTTGTTGTTGTGGTTGCGAGTTGGTGGAGTATGGTTGCGGTGACTGCGTCCGAGTATGGGTCGGCGCGGTTGAGCCGTGGGTAGTGTGGTGGTGTGCCGTGCATGAGTGCTTGGGCGGCTGCGGTGAGCAGGTCGTGTGCGATCCGGTGTGCGCGTGCCTGTTCGTAGTGGGTGTCGCCGGTGTGGATCATGTCGGGTTGCTCTTGAGGTTTGCCCATGGGGTGCTCCTTGTGGTGGCGGTCATTGTGTGGTGAGGTCGTGGAGTAGTCGCACGTAGGCGGCGCATAGGGTGGCCGTGGGCTTGTCGCTGTAGTCGAGTTGTTCGGCTATGAGGCGTGCGGCTGTGATCTGCGCGGCGTGCCGGTCGTCGTCTAGGTGCAGGGCGTCTATGGTGCGGTTGAGCGCGGGTAGCTGGTAGATGTCGTTCATGGTGTGGTGTCTCCTTGGTTGTGTTGTTCCCATTGGTTGGCTATGGCGTCGAGGGTGTCGGCGTAGTCGTGGCGTATGTGGTCTGCCATGTGGCGTAGTTCGTCTGGTGTGGTTGCTTCCCAGTCCTGTAGTGTTTCGTTTCTGAATGCTTGGATGTTGGTGGCGTATTCGGTTACGGTCATGTCGGTGTTGATTGCCCAGTCGTGGGCGCTGAGGATCGTGTCGGCGTTCGGATCGTAGTCGATGTCGGCGTGTGGTTGTTGGTTCATGTGTCGCTCCTTGTGTGGTGGTTGGTGTGGGTGGCTGTTTTTACGCCCCATATGGGTGATGGGGCGTAATATGGGGTGTATTCAAACGCTAGTGTTTCCAACGGTTTTGATTACGCCCCATTACGCCCCATCTCAGACACGGTGTGATGGGGTGTAATCATTACGCCCCATGTCTCGTGTTCTAGATGGGGTGTAATGGGGCGTATTAATAAACCCTTGCAATATAAGGCTTTAGGATTAGGCCCCATATTTCACCCCATGTGTTGATGGGGCGTAATACGTGCTTGTGCATTCGGGTTGTTCGAGTTCCCATAGCGAGCGGCGTCCACGTCCGGTGTATGTGGGGTCTTTGCGTGCGATGACGCGCGGGGAGGTCAGGCGTTCGCGGGCGTGCTGGAGCTGTTTGAAGGTGTATCCTTCGGCGTCCTTCGCGTCTGCGGCGATCTGCTTGCAGTTCGTCGGCCCGTTCTCGGCTAGGTAGGCTGTGAGCCAGTCGGCCACTTCGTTGTCTGCTGCGCGGCCTGTGGTGTCGCCTCCGGTGACATTGCGGTTGATGACCTCGTTCACGTTCGTGTCGGTCGGCGTGAACCCGGCGATGATGGGTACTTCCATGCGTTCCCCGTCGTCGTCGGTGATGAAGCGCGGGGCGAGCGTGTACTTGTAGGACGCGCCCTGTTGCGGCGTGTACGAGCTTTTATCGAGCGTCACCACACATTCGCCCGTCTCGTCGTCCTTGGCCACGAGGATCAGCGAGCGCACGGTGTCACGGAAGGCGTGCGAGCCGCTCACCTTGTCGGAGGCGTAGCCGCCGCCCTTGTTGAAGTGCAGTATGCCGATGATGGCGATACCGAGTTCTTGGGCGGTTGCGGCCAACGGGTCGAGGCTGCGGCGCACGTCGTCGCGCTTGTCGGTGTTGCCGTCGATGCACGAGGTGATCGGGTCGATGACCAAGAGCTTCACGTCGTGTTCGCGGAGTGTGTCACGCAAGGTGGCGGTGTCGTCGGGCAGTTGCAGGCCGGTGCTTACCGTGTTGCCGTCCCTTGTGTCGTCCACGGTGAGGAACAAGACGCGGTTCATGTCGGCGCCTGCGGCCTGTAGGCGTGCTTTCTGCATTCCCATGTCGTCCTCGATGGCGGCGAACGCGACGGTGACGGGCTGGTGTTGCCAGTCGCCCGTGAGCTTGCCAAGTGTGGCCTTGGCGGCTATGTCGATGCTCAGCGTGCTCTTCGATACGCCCGCACGTCCGGCGATCAGCGTGAGTACTTTCGTGGGTACGAGCGGGTTGTGCAGGAACACTGGGCGTTCCACTTTCACGTCGCAGGCGCGTGTGAGCGCGATCCTACGGCCGTCATGCTGTGCGCGCGCCTGTTTCTCTACGTTGTCCCATAGGGCGTCCGCGATGGCTTGTTGTTGCGGGTTTGCCGCTACCTCTACTCCCATTTGTGTGCTTTCTGTTCTTCTTCGAGTTGTGCGCGTTGTGTGTCGGTGAGGAAGTCCCATACCCAAGGCAGGGGTTTGCCGCCTGCGGTGCGTGGGATCCCGTCGCCCACGTAGGCGAGTTCGTCGGGTGTGAACCGCACGAGCGGTGAGCGTGCCAACGAGTCGGAGATCATCGATCCCATCGGTTTTCCTCCTTGCTGGTGGTGGTGGCGAGTATGGCCACGATGCGGCCGTCGATCATGCTGAGCAGGGCGGCTTGGTGCCATGCGGCGGTGTCGTCGCCTACGTGCGCGATCAGTGTGTCGAACATGCGTGCGATGTCCCTGTGCAGTTCTTTGAGCGCTTCCTGTGTGGTGTTCATGCCGTCACCTGCCGTCCGGTGTGGCGGGCTGCCGGTAGAGCCATGCGGCGAAGTCGTCGCGTGCGTACCATGTCTGGCCGTTGACGGTGTGGGTGCATTTGGGGCCGGCGTGGCGATCCTCTTTGAGGGCCCATAGGGTTGTGGTGGTGTTGGTGGCGGCGGCGAGTTGTTCGCGGGTGAATTGTGGTGGCAGGCTTTCCACGAGCGCGTGCCGGTTGTCGGTGATCTGCTGTTCGGTCATGGGGTGCTTCTTTCAGTTGTTGTACGTGTTTTGTTCGGTGTATGCGTCGAGGTCGGATTGCCGGTAGCGTACGGCGCGTGTGTCCTTGACGCTGCCGGGTCGTAGCGTGCCGAGTTTTATGTATCGCGGCCCGGTTCTTTCGGCGCGCCATTGGGCTAGGGTGAGGCGGCTGACATGGAGGTAGGTGGCGGCTTCGTCCGGTGTGAGCAGTGGTGTGCGTTGCATGGTGGCTCCTTGTTTCACACGGTCGGGCGGTTGTCGATCCACTGGTCGACGTCTTTGGGTCGCCAGAAGAGTTTGCGGCCGATGCGGATCGCGGGCGGCACTTCGTCCTTGTGGGTGCGGCGCTTGTGGTAGATGGTTGTGGCGCTCATGCCGATTCGTTCGGCTACCTGCTTGATGTCGAGCAGTTCCCTTGTGGTCGTTTTCGGTGTGTCTGTGGCCATATCCTGTCCTTATGTATCCTTGTGCGTCGTATAGGACTACACGTTTTCCATTCATTGTATTCCTATAAGTCCTATAAGAACCTATCGGGCGTGTCGGTGATACGCTGTGCATATGGAAACACGTGAAATTGCACCGCTCTTAGACCGCCGAGTGAAGATCTATGACCGCTCCCTGAACATGAGTACTGTTGTGGATATCGCAGAGGACGTTGACGCTCCAGCGCGTTTTTCCGTCACTGATATTCCGGTGGAAGGCAAAGAAGGCCTCATGCTGGCCCTTGATATCAACTACTCAGGCTTCCCACGGGACGAATACGACGTGATTGGAATGCGCCTGTACAGCACAGACCCCGCCCGAACTTGGATCATCAACGCAAATCTCCTGCGGGCATTGCGTATCGAAGATTGCAAGAACTACGCGGTGAGCCTTGTTCTTCTGAGGTACAGGCCGGGCACTCCAATCAGTGACTTCGATTACATGCCCTACAATTTCTGGAACGATCTGCACTATGTGGCACAGGCTAGGGAAGAGTCCGGTTCCCTTGATCTGAAAGCATTCGCGCGGCTCTATTCCGTCGCAACGAAGATCATGAAGAACCCGCGTGAAGTGCTTGCCGGGGGGTTCGGCGTGTCGAAACCCGCTGTGGCGAAATGGGCCGCAAAGGCCCGTGCAGAGGGCCTGTACACCGCGTACACTCCGGCCGAAAAGGACAGGCTGCGTGCTGCGGAAATCAAGGCGTTGAACGAGCCGATCCCGGACAACGAGTAGAGACTTGCCGGTGGGGGGTTGACACCGGCAACAGGCGACGCGAACCTCATAATCAATGGACGCCAACGGCCCGCGCCGCCAACAGGGAAGCCCCGGTCATGCGCCCAATGATCGGGGCTCACCCATATGTGAAGCGGCGCATGGTCTGCCTCCTTACCATGCGCCGCTTTCCCTATGCGCGCACTGTCTCATGGTGGGGTTGAGATGAAAGCATGAGCTACACAGTGGGGAAGTACGAGACGAAAAAGTGTGTCAAGTGGGAGGTGCGCTACCGGACACCGGGCGGACGGACGACGCGCAAACGCGGGTTCCTGCGCAAGATGGACGCGGAAGCATGGGCCGCTGAGAACGTGGAGATCGCCAAGGCCAAGGGCACGTTCATCACGCAAAGCGCGGGGAACACTCCAGTGGCGGAACTGTGGCAGTCGTGGATAGAGACGAAGCGCACACGATGCAAACCAAGCTACATGGAATCATTGGGGGGCGCGTGGAATAAGCATGTGGGGCCGCAATGGGGTGCGCGCAAGGTCGGGTCGATACGCCACGACGAAGTGCAGGAATGGGTGAACAAGTTGGCTGGGGAATACAGCGCGTCCGTGGTGATACGCGCACGCGATATGCTCAAGGGTCTGTTGAAGGCCGCGGTGAAGAACCGGCTGATCGCGTCGAACCCCGCCGACGACATCACAGTGCCCCGCAAGAAGAGGAAAGACCATGTATACCTCACGGCCGAGCAGCTCATGGCTTTGGCCGACGAGGCCGGGTGGCGTCGGCCGGCCGTGCTCGCCTTGGGCACGACTGGAATGCGCTGGGGTGAACTCGTCGGCTTGCGGGTGCGTGACCTCGATGCCAAAGGACACCGGCTCAGGATCGAACGCAACGCCGTCGAGGTCAAAGGGGAGGTTGTGATAGGCACGCCGAAAACATACGAGAAACGGACGATCACCTACCCGGCCATATTGGAGCCGATGCTCGTCGAGATGGCGCAAGGACGTGACGGCGACGAACCCCTGTTTGTCGATCAGCAAGGGAAGATGCTCAGGCGCACTCATGGGCCGAACTCTCCAAGCTCGTGGTTCTATTGGGCGAAGAAACGTGCGCTGGGTGATGTGTTGGCGAGGAAGATGACCGTGCATGACCTGCGGCACACGGCCGCGTCCCTGCTCGTGAGCGCGGGCGCGAACGTCAAGGTCGTGCAAAGGCAGTTGGGGCATGAAAGCGCCGCCATGACGTTGGATACTTACGCCGACCTGTTCGACGCCGACTTGGACGTGGTGCGCGTGGAGATGGACAGCATCTTCCCGGCCGCCTAGGCTAAATGCGTCCAAAACGTGTCCAAAACACAGATGTGATGCTTGAGAATGGCGTTATTTCAACGTTTTCTAGGATGATATGTTGGGGTTCAATCCCCCGCGGCTCCACaaatagcataaaacccactggaaatagtgggtttttcgtatgtgaccggctatgtaccgcggcgcggtgtagactatgggtatccgcgacttggaacaac