Gene/fragment and flanking sequence:

Gene: tmRNA
1371152 tggaaagtcc ggctaggcga gagctacgcc ggtgagtttg ataattcaaa aGGGGCCGAT
1371092 TGGTTTCGAC GGTGATCTGT TCGCCTTGGA GAAGCATGCC GAGAATGCAG GGTCCACTCG
1371032 TGATGTTCTC TGCAATAAAA ATAAGTGCTA AATCTAATCG CACTGAGTTC GCTCTCGCTG
1370972 CCTGATTTTA AACGTAATCA GATTTAATCC AGCGAGTTAG CACTCCATCT GCTCTCCCGC
1370912 GTCTTCGGGG AGAGGTCAGG TGTCGTTAGG AGACTGACTT GTGAGATTGA ACTGCAGGGT
1370852 CTCGCAAGGA CATTTTGCTG TGGCTAGGCT CGCCGCCAGT TGTCTGCGGC ATTGGCGGGG
1370792 GCCGAAAATA CGCTCGTTCG AGTCAGCAGA CTAAGCATGT AGAAGGACGA GGGTACGGTC
1370732 ACCGGACCGG GGTTCAATCC CCCGCGGCTC CACTTtttca gaacccgcca gaaatggcgg
1370672 gttttcgttt atttccaagg gttttc

tmRNA Fragment
1362465 atgtgatgct tgagaatggc gttatttcaa cgttttctag gatgatatgt tGGGGTTCAA
1362405 TCCCCCGCGG CTCCACaaat agcataaaac ccactggaaa tagtgggttt ttcgtatgtg
1362345 accggct

Gene (GREEN CAPS): 1370698..1371101
Displaced gene fragment (GREEN, mismatches lowercase): 1362390..1362414
Match (underlined) extends 3-prime beyond tmRNA: 0 bp
Index point: nt 394
Mismatches: 0
Damage within repeat (Red): none
Supplemental Island Information
Island Length: 8286 bp
Mononucleotide (difference to replicon): 1.21
Dinucleotide bias (between genome and island): 0.12
Minimum distance between integrase and endpoint: 2.27
Density of hypothetical proteins (fold over replicon): 0.55
Housekeeping index: -13.76

Potential integrases in NC_017866
13624991363611Integrase in the same orientation as tmRNA
16946021695855

Potential fragments for tmRNA
12176231217636
13623901362414


Genes: 14
LeftRightStrandAnnotation
13624991363587-ID=387821069; acc=YP_006301112.1; Name=Integrase;
13638121364102-ID=387821070; acc=YP_006301113.1; Name=hypothetical protein W7Y_1181;
13645811364787+ID=387821071; acc=YP_006301114.1; Name=hypothetical protein W7Y_1182;
13648021365014+ID=387821072; acc=YP_006301115.1; Name=hypothetical protein W7Y_1183;
13650271365263+ID=387821073; acc=YP_006301116.1; Name=hypothetical protein W7Y_1184;
13652681365459+ID=387821074; acc=YP_006301117.1; Name=hypothetical protein W7Y_1185;
13654471365638+ID=387821075; acc=YP_006301118.1; Name=hypothetical protein W7Y_1186;
13657731366831+ID=387821076; acc=YP_006301119.1; Name=TnpY;
13670691367341+ID=387821077; acc=YP_006301120.1; Name=hypothetical protein W7Y_1188;
13673381367526+ID=387821078; acc=YP_006301121.1; Name=hypothetical protein W7Y_1189;
13675491367785+ID=387821079; acc=YP_006301122.1; Name=hypothetical protein W7Y_1190;
13677821368099+ID=387821080; acc=YP_006301123.1; Name=hypothetical protein W7Y_1191;
13685151370278+ID=387821081; acc=YP_006301124.1; Name=phage prohead protease;
13702901370511+ID=387821082; acc=YP_006301125.1; Name=hypothetical protein W7Y_1193;

Sequence:     

>Bifidobacterium animalis subsp. lactis B420|1370800-1362314|100bp flanks
ccatacgcatacatcggaatattgcgagtgcgttcgtgttgtgctatattggaaagtccggctaggcgagagctacgccggtgagtttgataattcaaaaGGGGCCGATTGGTTTCGACGGTGATCTGTTCGCCTTGGAGAAGCATGCCGAGAATGCAGGGTCCACTCGTGATGTTCTCTGCAATAAAAATAAGTGCTAAATCTAATCGCACTGAGTTCGCTCTCGCTGCCTGATTTTAAACGTAATCAGATTTAATCCAGCGAGTTAGCACTCCATCTGCTCTCCCGCGTCTTCGGGGAGAGGTCAGGTGTCGTTAGGAGACTGACTTGTGAGATTGAACTGCAGGGTCTCGCAAGGACATTTTGCTGTGGCTAGGCTCGCCGCCAGTTGTCTGCGGCATTGGCGGGGGCCGAAAATACGCTCGTTCGAGTCAGCAGACTAAGCATGTAGAAGGACGAGGGTACGGTCACCGGACCGGGGTTCAATCCCCCGCGGCTCCACTTTTTCAGAACCCGCCAGAAATGGCGGGTTTTCGTTTATTTCCAAGGGTTTTCGGGCCCCGTGGATATAGGTGTAAATGGGTTAAAATGGACGCATTCCAATATGAAACGTGTCCAAAATGAGGCCAAAAAGCACAGGGGCGGTGCAGGCGCTCAAGCCCACAACCGCCCCACATGCCCTGCACACCGCTACAGGTTGTCCACGATTGGGTTCAGGTAGTCGCCGGTCAGTAGCACACGATCCCGGATTATGATCGTACGCTCCGGGTCGTCCCTGTTCACCGGATCATAAGGGCCTGCATCGGGTTTCACGCGGGTAGCGTACCGCGCATAGGCGGGTTGCGTGTAATCCGCCCCCGCATTGCCCTCAAGCACCTGCGTGTTCCTGTACCGTGGCTCCCTGTCGCTCATGGCGTGCCCCCTCACTTCGTCGGCGTGGACTTCGCTGCGGCCTTGGTGGCGAACTTCACGATACCGTGCGGCTTGAGCACATCGAAGCTGAAACGGCCCTCGACACGGGAGATGACGGTGTTCGTCCGGAAACCCTCGCTCGTGTTCGTCGCCGTCTCAAGGTTGCCGTCCGTCATGATCTGCACGGTGTTCGTGCCGATCGCATACCCGGTGCCGGACTCAAGATAGGCGTCGGCAACCACCGGCACACCCCACAATTGCTTGTTCTGCACGTCCACGATCGGATCGTTGATGTAATGGCCGAGCGTGTCCTTGGTGGTGGCGATCTCCACCCAGTCCACTGCGGGAAGCACGAACATGGCGCAGGTGATGCCGTACTGTTCGATCTGCGCGGCCGCGTTGATGGCGGTGGTCACGGCGTCCGAGCTGAACGCCTGCGACTTGATGCCCTCGACATGGTTCAGGCCGAGCAGGTGGCCCGCAGTGCCGTCGCCGTTGATGATCTCGTTCTCGAACGTGCGCATGATCTCACGGGTGAGGCGTTCGCCCACATAATCCACGACGCCCTGAGACGACTGCCATGTGTACTTGTCCACAGGGTCGGACACGACGGCGATCACCTTGAGCTGGTTGCGTACCTTCTTGAGGCCGAGCTTGAACGTTGGCTTCGTCTCGCCCTTCTCCACGACCGCTGCGGTTCCCGCGTCCTCCTGCGTGGTTTCCATGAGATAGTCATATTCGTCTGTATGCACCACTCCGGCAGGAATGTAGTTGACGATGCCGATGGGCATCTCGCCGCCCTGATCGTGGATCGGAATGGAGTTGACGATCGGCGTGGGCGTGAACATGGCCCCGGTGATCGACGCCATGTCGATGCCCTTGACATGGCGTTCGTTGATGTCCTTGCGCATGGTTTCGGGAATGCTCTTGGTGAGCTTGGAGAGGTCGAGGTAGCTCTTGGTGCTATACGGGGAGACGCGCTTCGGGCTTGTGATGTCGTGAAGCCACTGGTCAACATCTCCGGTGATGTCCCCGTCACGCCTGAGCTTTTCGACGCAATCGGCCACGACCCCCTTAAGGTGGGTCACCTCCTCAAGCTCAGCGTCGGACAACATGCGTCCAACAGAGTTGTTGGCAATCTGCGAGAGCTTGCCCTTGGCGTCCAAAAGATCCTGTTTCGTGCTCATGTTCTCATATCCATTCTTTGCGTATTTGATGGTGGTGTCGATGGTCTTGAATAATGGCTCCAAGTTGGAGGGGTAGGCGGACTCCGATTTCACGGCCTCGATGCTGGTGTCCTTGTTCGCGCCGTGGGGCACGATGGACACTTCCAGCAGGTTCACGGCCTGCAATTCGTTGGCCATGCCCTTGGCGCTCTGAGCCTGCGCCTTGCGTTCGATCGTGTACCCGAAACTCATTTGGCTGAGCCTATGGCCTTTGAGCAGCCGGTACACCTGAGCGGCCTTCGCGTTCGTGTCGATGTCCAAGTGGCCCGTAACAAGCAGCCCGTGGTCGTCCTCGATGGCCGACTTCACATAGCCGATGTTGTAGTCCGGGTCAGTCTCGTTATGCCCGTACAGCACTGGAATGCACGACCCCGACATATCCCACTTGCGCAACGTCTGCGAGAACGCGCCCTTGGCAACCACGTCGCCGTAACAGTCGGGCGTGCGCGTCCAAGTGCTCACGTAAGCCTTGAAATCCCCCTCCTCAAGCCCATCACCCAAGGAATCGGACTTCACATAGATGTGTGAATCATTGGTTTTGTAATACATATGCGGATACACCTTTGCTAAGCCACACCGGAAAGCGTGGTAACAATCAATATGTGGTTATCTCTATCCGCGTGCCTGTGGCGACTGCGTGCAGCGGCCTCGGCTGGCAAACAGTCCGGTCTCTTGCGAACCCGCGGCGACTGTACAGCGGCCCGGATCGGCTTCACCGAACAATGCCAAGCCTACCCGCCGAACAAGCACGTGGCAAGCGGGACAACGGTGGGAGATGACGGCGCGTTACCGTGTGGCACGCGCCGTCACGTCCGAAAAGGCCCGATCTTTTTGAGACGCGAAAAAAAGAGTTTCGGCGGCGGGTGTTTCGCGTCTATTGTTTTATTTTTTGGACTCCCCCTACCCTTGTCGGCAAGGTGGTCGCGTTTCACGATGCCCTTGCTGATGATGGGGTAACGATTCGTTACCCCATGGTGGTTCGGTTAGGTTGTGGTGTGCCGGTGTATGGGTGTGTTGGGTTGCGGTGCATGGTCGTATCCTCCGTGTCGGTGTTGTCGGTTGGTTGGGTGGCGTTGCGGTATTGGCGTGCGCATTCTTCGAGCCAGTCCGCGAGTTCGTGGCGTGCGTAGTCGGCCAGAGCGTCGAGTTCGTCGGGTGAGGTGAAGTCGATGGTGTTGCTTTGGTCGAGCATGGCTTCGATGCCGGTGTCGTCGTACTGGGCGGCGATGAATGAGAGGCCGAGCCGGTGTTCGTGCATGTCGGCGTAGATGATGGGGTTCATTGTTCCTCCTTGGTGGTTGTTGTTGTGGTTGCGAGTTGGTGGAGTATGGTTGCGGTGACTGCGTCCGAGTATGGGTCGGCGCGGTTGAGCCGTGGGTAGTGTGGTGGTGTGCCGTGCATGAGTGCTTGGGCGGCTGCGGTGAGCAGGTCGTGTGCGATCCGGTGTGCGCGTGCCTGTTCGTAGTGGGTGTCGCCGGTGTGGATCATGTCGGGTTGCTCTTGAGGTTTGCCCATGGGGTGCTCCTTGTGGTGGCGGTCATTGTGTGGTGAGGTCGTGGAGTAGTCGCACGTAGGCGGCGCATAGGGTGGCCGTGGGCTTGTCGCTGTAGTCGAGTTGTTCGGCTATGAGGCGTGCGGCTGTGATCTGCGCGGCGTGCCGGTCGTCGTCTAGGTGCAGGGCGTCTATGGTGCGGTTGAGCGCGGGTAGCTGGTAGATGTCGTTCATGGTGTGGTGTCTCCTTGGTTGTGTTGTTCCCATTGGTTGGCTATGGCGTCGAGGGTGTCGGCGTAGTCGTGGCGTATGTGGTCTGCCATGTGGCGTAGTTCGTCTGGTGTGGTTGCTTCCCAGTCCTGTAGTGTTTCGTTTCTGAATGCTTGGATGTTGGTGGCGTATTCGGTTACGGTCATGTCGGTGTTGATTGCCCAGTCGTGGGCGCTGAGGATCGTGTCGGCGTTCGGATCGTAGTCGATGTCGGCGTGTGGTTGTTGGTTCATGTGTCGCTCCTTGTGTGGTGGTTGGTGTGGGTGGCTGTTTTTACGCCCCATATGGGTGATGGGGCGTAATATGGGGTGTATTCAAACGCTAGTGTTTCCAACGGTTTTGATTACGCCCCATTACGCCCCATCTCAGACACGGTGTGATGGGGTGTAATCATTACGCCCCATGTCTCGTGTTCTAGATGGGGTGTAATGGGGCGTATTAATAAACCCTTGCAATATAAGGCTTTAGGATTAGGCCCCATATTTCACCCCATGTGTTGATGGGGCGTAATACGTGCTTGTGCATTCGGGTTGTTCGAGTTCCCATAGCGAGCGGCGTCCACGTCCGGTGTATGTGGGGTCTTTGCGTGCGATGACGCGCGGGGAGGTCAGGCGTTCGCGGGCGTGCTGGAGCTGTTTGAAGGTGTATCCTTCGGCGTCCTTCGCGTCTGCGGCGATCTGCTTGCAGTTCGTCGGCCCGTTCTCGGCTAGGTAGGCTGTGAGCCAGTCGGCCACTTCGTTGTCTGCTGCGCGGCCTGTGGTGTCGCCTCCGGTGACATTGCGGTTGATGACCTCGTTCACGTTCGTGTCGGTCGGCGTGAACCCGGCGATGATGGGTACTTCCATGCGTTCCCCGTCGTCGTCGGTGATGAAGCGCGGGGCGAGCGTGTACTTGTAGGACGCGCCCTGTTGCGGCGTGTACGAGCTTTTATCGAGCGTCACCACACATTCGCCCGTCTCGTCGTCCTTGGCCACGAGGATCAGCGAGCGCACGGTGTCACGGAAGGCGTGCGAGCCGCTCACCTTGTCGGAGGCGTAGCCGCCGCCCTTGTTGAAGTGCAGTATGCCGATGATGGCGATACCGAGTTCTTGGGCGGTTGCGGCCAACGGGTCGAGGCTGCGGCGCACGTCGTCGCGCTTGTCGGTGTTGCCGTCGATGCACGAGGTGATCGGGTCGATGACCAAGAGCTTCACGTCGTGTTCGCGGAGTGTGTCACGCAAGGTGGCGGTGTCGTCGGGCAGTTGCAGGCCGGTGCTTACCGTGTTGCCGTCCCTTGTGTCGTCCACGGTGAGGAACAAGACGCGGTTCATGTCGGCGCCTGCGGCCTGTAGGCGTGCTTTCTGCATTCCCATGTCGTCCTCGATGGCGGCGAACGCGACGGTGACGGGCTGGTGTTGCCAGTCGCCCGTGAGCTTGCCAAGTGTGGCCTTGGCGGCTATGTCGATGCTCAGCGTGCTCTTCGATACGCCCGCACGTCCGGCGATCAGCGTGAGTACTTTCGTGGGTACGAGCGGGTTGTGCAGGAACACTGGGCGTTCCACTTTCACGTCGCAGGCGCGTGTGAGCGCGATCCTACGGCCGTCATGCTGTGCGCGCGCCTGTTTCTCTACGTTGTCCCATAGGGCGTCCGCGATGGCTTGTTGTTGCGGGTTTGCCGCTACCTCTACTCCCATTTGTGTGCTTTCTGTTCTTCTTCGAGTTGTGCGCGTTGTGTGTCGGTGAGGAAGTCCCATACCCAAGGCAGGGGTTTGCCGCCTGCGGTGCGTGGGATCCCGTCGCCCACGTAGGCGAGTTCGTCGGGTGTGAACCGCACGAGCGGTGAGCGTGCCAACGAGTCGGAGATCATCGATCCCATCGGTTTTCCTCCTTGCTGGTGGTGGTGGCGAGTATGGCCACGATGCGGCCGTCGATCATGCTGAGCAGGGCGGCTTGGTGCCATGCGGCGGTGTCGTCGCCTACGTGCGCGATCAGTGTGTCGAACATGCGTGCGATGTCCCTGTGCAGTTCTTTGAGCGCTTCCTGTGTGGTGTTCATGCCGTCACCTGCCGTCCGGTGTGGCGGGCTGCCGGTAGAGCCATGCGGCGAAGTCGTCGCGTGCGTACCATGTCTGGCCGTTGACGGTGTGGGTGCATTTGGGGCCGGCGTGGCGATCCTCTTTGAGGGCCCATAGGGTTGTGGTGGTGTTGGTGGCGGCGGCGAGTTGTTCGCGGGTGAATTGTGGTGGCAGGCTTTCCACGAGCGCGTGCCGGTTGTCGGTGATCTGCTGTTCGGTCATGGGGTGCTTCTTTCAGTTGTTGTACGTGTTTTGTTCGGTGTATGCGTCGAGGTCGGATTGCCGGTAGCGTACGGCGCGTGTGTCCTTGACGCTGCCGGGTCGTAGCGTGCCGAGTTTTATGTATCGCGGCCCGGTTCTTTCGGCGCGCCATTGGGCTAGGGTGAGGCGGCTGACATGGAGGTAGGTGGCGGCTTCGTCCGGTGTGAGCAGTGGTGTGCGTTGCATGGTGGCTCCTTGTTTCACACGGTCGGGCGGTTGTCGATCCACTGGTCGACGTCTTTGGGTCGCCAGAAGAGTTTGCGGCCGATGCGGATCGCGGGCGGCACTTCGTCCTTGTGGGTGCGGCGCTTGTGGTAGATGGTTGTGGCGCTCATGCCGATTCGTTCGGCTACCTGCTTGATGTCGAGCAGTTCCCTTGTGGTCGTTTTCGGTGTGTCTGTGGCCATATCCTGTCCTTATGTATCCTTGTGCGTCGTATAGGACTACACGTTTTCCATTCATTGTATTCCTATAAGTCCTATAAGAACCTATCGGGCGTGTCGGTGATACGCTGTGCATATGGAAACACGTGAAATTGCACCGCTCTTAGACCGCCGAGTGAAGATCTATGACCGCTCCCTGAACATGAGTACTGTTGTGGATATCGCAGAGGACGTTGACGCTCCAGCGCGTTTTTCCGTCACTGATATTCCGGTGGAAGGCAAAGAAGGCCTCATGCTGGCCCTTGATATCAACTACTCAGGCTTCCCACGGGACGAATACGACGTGATTGGAATGCGCCTGTACAGCACAGACCCCGCCCGAACTTGGATCATCAACGCAAATCTCCTGCGGGCATTGCGTATCGAAGATTGCAAGAACTACGCGGTGAGCCTTGTTCTTCTGAGGTACAGGCCGGGCACTCCAATCAGTGACTTCGATTACATGCCCTACAATTTCTGGAACGATCTGCACTATGTGGCACAGGCTAGGGAAGAGTCCGGTTCCCTTGATCTGAAAGCATTCGCGCGGCTCTATTCCGTCGCAACGAAGATCATGAAGAACCCGCGTGAAGTGCTTGCCGGGGGGTTCGGCGTGTCGAAACCCGCTGTGGCGAAATGGGCCGCAAAGGCCCGTGCAGAGGGCCTGTACACCGCGTACACTCCGGCCGAAAAGGACAGGCTGCGTGCTGCGGAAATCAAGGCGTTGAACGAGCCGATCCCGGACAACGAGTAGAGACTTGCCGGTGGGGGGTTGACACCGGCAACAGGCGACGCGAACCTCATAATCAATGGACGCCAACGGCCCGCGCCGCCAACAGGGAAGCCCCGGTCATGCGCCCAATGATCGGGGCTCACCCATATGTGAAGCGGCGCATGGTCTGCCTCCTTACCATGCGCCGCTTTCCCTATGCGCGCACTGTCTCATGGTGGGGTTGAGATGAAAGCATGAGCTACACAGTGGGGAAGTACGAGACGAAAAAGTGTGTCAAGTGGGAGGTGCGCTACCGGACACCGGGCGGACGGACGACGCGCAAACGCGGGTTCCTGCGCAAGATGGACGCGGAAGCATGGGCCGCTGAGAACGTGGAGATCGCCAAGGCCAAGGGCACGTTCATCACGCAAAGCGCGGGGAACACTCCAGTGGCGGAACTGTGGCAGTCGTGGATAGAGACGAAGCGCACACGATGCAAACCAAGCTACATGGAATCATTGGGGGGCGCGTGGAATAAGCATGTGGGGCCGCAATGGGGTGCGCGCAAGGTCGGGTCGATACGCCACGACGAAGTGCAGGAATGGGTGAACAAGTTGGCTGGGGAATACAGCGCGTCCGTGGTGATACGCGCACGCGATATGCTCAAGGGTCTGTTGAAGGCCGCGGTGAAGAACCGGCTGATCGCGTCGAACCCCGCCGACGACATCACAGTGCCCCGCAAGAAGAGGAAAGACCATGTATACCTCACGGCCGAGCAGCTCATGGCTTTGGCCGACGAGGCCGGGTGGCGTCGGCCGGCCGTGCTCGCCTTGGGCACGACTGGAATGCGCTGGGGTGAACTCGTCGGCTTGCGGGTGCGTGACCTCGATGCCAAAGGACACCGGCTCAGGATCGAACGCAACGCCGTCGAGGTCAAAGGGGAGGTTGTGATAGGCACGCCGAAAACATACGAGAAACGGACGATCACCTACCCGGCCATATTGGAGCCGATGCTCGTCGAGATGGCGCAAGGACGTGACGGCGACGAACCCCTGTTTGTCGATCAGCAAGGGAAGATGCTCAGGCGCACTCATGGGCCGAACTCTCCAAGCTCGTGGTTCTATTGGGCGAAGAAACGTGCGCTGGGTGATGTGTTGGCGAGGAAGATGACCGTGCATGACCTGCGGCACACGGCCGCGTCCCTGCTCGTGAGCGCGGGCGCGAACGTCAAGGTCGTGCAAAGGCAGTTGGGGCATGAAAGCGCCGCCATGACGTTGGATACTTACGCCGACCTGTTCGACGCCGACTTGGACGTGGTGCGCGTGGAGATGGACAGCATCTTCCCGGCCGCCTAGGCTAAATGCGTCCAAAACGTGTCCAAAACACAGATGTGATGCTTGAGAATGGCGTTATTTCAACGTTTTCTAGGATGATATGTTGGGGTTCAATCCCCCGCGGCTCCACaaatagcataaaacccactggaaatagtgggtttttcgtatgtgaccggctatgtaccgcggcgcggtgtagactatgggtatccgcgacttggaacaac